Μετά την «Σύμβαση της Χαλέπας» (1878) που καθιέρωσε μια υποτυπώδη ημιαυτονομία για την Κρήτη και με την ψήφιση του «Οργανισμού των Δικαστηρίων» (1879, 1892), ιδρύονται Εφετείο, Πρωτοδικεία, Ειρηνοδικεία, Εμποροδικεία, καθώς και Πταισματοδικεία, Πλημμελειοδικεία και Κακουργειοδικείο.
Ήδη το 1884 στο λόφο Καστέλλι βρίσκονται τα κρατικά γραφεία, τα Δικαστήρια, οι φυλακές, η Γενική Διοίκηση.
Με την επανάσταση του 1889 το καθεστώς της Συμβάσεως της Χαλέπας διαλύθηκε, ακολουθούμενη από την επανάσταση του 1895 και του 1897 και τη διεθνή κατοχή των Ευρωπαϊκών Δυνάμεων. Τα δικαστήρια ουσιαστικά έπαυσαν να λειτουργούν και στη θέση τους δίκαζαν τα Διεθνή Δικαστήρια (στρατοδικεία).
Το 1898 τα Χανιά γίνονται πρωτεύουσα της «Κρητικής Πολιτείας» κατά το μεταβατικό στάδιο της Αυτονομίας. Την ίδια εποχή τα Δικαστήρια μεταφέρθηκαν στη σημερινή τους θέση.
Στα Χανιά εδρεύει τότε το Εφετείο Κρήτης, το Ακυρωτικό (Άρειος Πάγος της Κρήτης), το Ειδικό Δικαστήριο, καθώς και το Συμβούλιο της Δικαιοσύνης.
Ενδεικτικά, το 1903 ο Γενικός Εισαγγελέας ανέφερε ότι κατά το προηγούμενο έτος το Εφετείο εξέδωσε 601 πολιτικές αποφάσεις, 57 αποφάσεις κακουργημάτων και 284 αποφάσεις πλημμελημάτων.
Την ενσωμάτωση της Κρήτης στο ελληνικό κράτος ακολούθησε και η επανίδρυση του Εφετείου και των λοιπών δικαστηρίων το 1914 με το ΦΕΚ Α’ 88/11.04.1914
Με πληροφορίες από το βιβλίο του Στρατή Παπαμανουσάκη «Αναδρομή στην Ιστορία του Δικηγορικού Συλλόγου Χανίων 1884-1984», Χανιά, Δεκέμβρης 1984.